Jänisjoki saa alkunsa Aittojärvestä Joensuun kaupunkiin liitetyn Enon kunnan alueelta. Pituutta joella on 95 kilometriä, josta osa virtaa Suomen puolella ja osa Venäjän Karjalassa laskien lopulta Jänisjärveen.
Joki jatkaa vielä kulkuaan laskien Laatokkaan Läskelänjokena. Suomen puolella melottavaa järvi- ja jokiosuutta on noin 200 kilometriä. Tämä selittyy Jänisjoen latvoilla olevan Loitimon monilla laskujoilla.
